Di Indonesia, benih-benih lokal yang jumlahnya ribuan dan dulu dikuasai petani, secara sistematis diambil oleh lembaga penelitian internasional seperti International Rice Research Institute (IRRI) yang berpusat di Los Banos, Filipina. Lembaga ini hanya mengembangkan beberapa puluh varietas unggul yang kemudian dengan kebijakan represif pemerintah, benih itu harus ditanam petani. Dengan alasan untuk meningkatkan produktivitas, melawan kelaparan dunia dan sebagainya.
Pada awalnya, petani tercengang dengan keajaiban benih hasil rekayasa, karena benih-benih baru tersebut mampu meningkatkan produksi berkali lipat dan efisien dalam waktu produksi. Namun kemudian petani dikenalkan berbagai macam sarana pertanian kimia pabrikan sebagai bagian dari paket teknologi pertanian. Panen yang sebelumnya hanya didapat 1-2 kali dalam setahun meningkat menjadi 3 kali. Petani diuntungkan pada awal sistem tersebut diberlakukan.
Asosiasi Perbenihan Indonesia (Asbenindo) menyatakan dalam rangka perlunya komunitas pertanian beradaptasi terhadap perkembangan usaha pertanian dalam menghadapi berbagai perkembangan teknologi baik di dalam negeri maupun dalam kancah internasional menyongsong era pertanian baru.
Asbenindo mendorong pemerintah agar mempersiapkan regulasi dan program pelatihan penerapan bioteknologi. Pemerintah tak perlu lagi alergi terhadap pengayaan bioteknologi lantaran teknologi tersebut sudah merupakan kebutuhan di era pertanian saat ini. seluruh pemangku kewenangan bidang pertanian harus mempersiapkan diri terhadap era pertanian bioteknologi. Pemerintah harus siap menyusun regulasi, sementara petani dan pengusaha pertanian harus menyiapkan mental dan paradigma budidaya. Pengembangan transgenik sudah merupakan kebutuhan kedepannya. Apabila dunia pertanian nasional terus menolak terhadap bioteknologi. Indonesia akan tertinggal dari negara lain. Saat ini, hampir semua negara maju mengembangkan bioteknologi untuk mendongkrak produktivitas tanaman pertanian mereka
Negara-negara di Asia seperti China dan Jepang juga sudah lama mengaplikasikan teknologi transgenik. beberapa perusahaan perbenihan di Indonesia sebenarnya sudah mengembangkan teknologi transgenik untuk sejumlah varietas. Namun perusahaan-perusahaan multinasional dan lokal tersebut masih khawatir untuk mempublikasikan kegiatan penelitian mereka ke publik. Bioteknologi ini merupakan isu yang masih kontroversial bagi sebagian komunitas pertanian di Indonesia.
Untuk situasi Indonesia, varietas transgenik yang sudah bisa diterapkan dalam skala luas adalah jagung dan kedelai. Bahkan untuk tanaman hias dan aneka varietas hortikultura juga sudah ada yang menggunakan teknologi transgenik.
Dalam empat tahun terakhir, telah terjadi peningkatan produksi pertanian yang disebabkan dukungan varietas benih unggul dan bermutu. Pada tahun 2007 lalu, komposisi benih padi unggul baru 39 persen dari total benih yang ada. Namun pada tahun 2009, komposisi benih unggul sudah mencapai 62,8 persen. Sementara untuk jagung, pada 2009 benih unggulnya sudah mencapai 65,4 persen atau naik 30,4 persen dibandingkan komposisi 2007 (35 persen).
Kebutuhan benih transgenik sudah demikian penting mengingat umur tanaman di perkebunan nasional sudah masuk masa pensiun, sehingga membutuhkan replanting atau peremajaan. Karena itu perlu ditopang dengan suplai benih yang masif.
Apabila hanya mengandalkan pengoptimalan benih secara konvensional, justru akan mengancam dunia pertanian nasional. Tanpa benih transgenik, hanya ada satu cara untuk meningkatkan produksi, yaitu ekstensifikasi lahan. Benih transgenik adalah salah satu solusi tanpa perlu ekspansi lahan besar-besaran.
Menurut Asbenindo, Indonesia tidak boleh terus-menerus menerapkan standar ganda terhadap bioteknologi. Di satu sisi menolak, tapi di sisi lain menerima karena hampir separuh dari impor kedelai nasional adalah produksi bioteknologi di negara asalnya.
Saat ini pemerintah sudah melepas sejumlah varietas yang bisa dikembangkan untuk penemuan varietas baru. Varietas-varietas tersebut adalah padi non hibrida (223 varietas), padi hibrida (54 varietas), jagung hibrida (137), jagung komposit (49 varietas), kedelai (73 varietas), buah (553), sayur (818 varietas), dan tanaman hias (109 varietas).
