Banjir yang disebabkan factor campur tangan manusia, seperti:
a. Hilangnya kelestarian wilayah kawasan penyimpan air di Jabodetabek
Situ, danau, rawa dan hutan bakau, berperan penting sebagai penyimpan air yang mengurangi volume banjir. Kelestarian kawasan ini merupakan keharusan. Jakarta terus kehilangan kawasan lahan basah demi kawasan real estate, perindustrian, lapangan golf dan sebagainya. Hutan bakau Angke Kapuk, pada 1980-an masih menutupi areal seluas 1.500-an hektare, merosot tajam menjadi 327 hektare saja pada tahun 1993.
b. Konversi besar-besaran ruang terbuka hijau dan kawasan resapan air di jabodetabekunjur.
Penghijauan Kota Jakarta adalah isu usang yang berulang diusung pemerintah DKI. Tak kurang dari delapan program penghijauan diluncurkan sejak 1970 hingga yang terkini Program Jakarta Hijau (2003). Anehnya, target luasan ruang terbuka hijau (RTH) yang ingin dicapai justru terus menurun tajam. Jika dalam Rencana Induk Djakarta 1965-1985 ditargetkan luas RTH sebesar 37,2 persen, maka dalam Rencana Umum Tata Ruang (RUTR) Jakarta 1985-2005 target luas RTH dipangkas menjadi 25,85 persen. (Nirwono Jogo, Kompas, 19 Juni 2003). Selanjutnya, Rencana Tata Ruang Wilayah (RTRW) Jakarta 2000-2010 dengan target hanya sebesar 13,94 persen (tidak ideal). Sementara itu, luas RTH di lapangan hanya berkisar 9% dari total luas Kota Jakarta.
c. Menurunnya kualitas lahan hijau di pekarangan bangunan.
Sebenarnya pemerintah telah memiliki peraturan yang jelas tentang Koefisien Dasar Bangunan (KDB) yang mengatur perbandingan antara luas dasar bangunan dan tanah yang ditempatinya. KDB untuk masing masing wilayah, diatur bervariasi tergantung kepada peruntukkannya. Sebagai contoh, menurut RUTR DKI, di Jakarta Selatan wilayah pengembangan Selatan untuk pelestarian lingkungan dan resapan air KDB nya 20% saja – ini berarti jika luas tanah 100 meter persegi, maka bangunan diatasnya maksimun seluas 20 meter persegi.
d. Tidak optimalnya setiap bangunan memiliki sumur resapan
Sumur resapan, menampung air hujan di dalam tanah, membantu memperkecil volume air mengalir dan banjir. Potensi air hujan di wilayah DKI diperkirakan mencapai tiga milliar kubik per tahun (Dinas Pertambangan DKI). Menurut Neraca Keseimbangan Lingkungan Hidup Daerah (NKLHD) 2001, dari luas wilayah Jakarta sebesar 661 kilometer persegi, 92 persen diantaranya telah terbangun, akibatnya air hujan langsung mengalir di permukaan dan kurang meresap ketanah. Ini menyebabkan banjir di musim hujan dan kesulitan air bersih dimusim kering. Guna mengisi kembali air tanah sebagai cadangan air, dan mengurangi resiko banjir diperlukan gerakan pembangunan sumur resapan air hujan di seluruh Jakarta.
e. Rusak dan tercemarnya sempadan sungai
Tanaman di sepanjang sempadan sungai, berfungsi mencegah erosi dan longsor. Sempadan sungai yang banyak ditumbuhi pohon akan mengurangi kecepatan aliran air hingga kerusakan berkurang. Diperlukan upaya serius untuk mewujudkan kawasan selebar 25 meter dari bibir kanan dan kiri sungai sungai besar (5 meter pada sungai kecil) menjadi kawasan penyimpan air yang efektif. Penegakan hukum terhadap operasi pembuangan ilegal dengan menutup dan merehabilitasi gunung-gunung sampah di bantaran sungai, dan memberikan subsidi untuk sistem pengumpulan sampah di kelurahan-kelurahan miskin sepanjang sempadan sungai. Dalam jangka menengah, pengembangan sistem daur ulang sampah dan pengomposan sampah organik berbasis masyarakat dapat lebih jauh menjawab persoalan di akarnya.
f. Rusaknya System Hutan Kawasan Hulu
Daerah tangkapan dipengaruhi oleh penutupan lahan (sifat tanah, sifat vegetasi, kerapatan infrastruktur, fungsi sistim drainasi mikro). Daerah tangkapan hujan di ketiga belas sungai utama yang bermuara di Pantai Utara Jakarta umumnya berada pada daerah dataran rendah serta intensitas pemanfaatan lahan yang relatif tinggi, sehingga koefisien aliran permukaan cenderung besar. Rusaknya sistem hutan kawasan hulu sudah barang tentu mengkontribusi kejadian banjir, namun suatu saat juga kekeringan, karena kondisi hutan yang gundul akan menyebabkan pola distribusi aliran di sungai menjadi semakin tidak ideal (terlalu tinggi di musim hujan dan terlalu rendah pada musim kemarau).]
g. Jaringan Drainasi Hujan Yang Minim
Alur pembawa aliran yang terdiri dari sistem mikro berupa jaringan drainasi air hujan diduga kurang ideal (jumlah, kapasitas, fungsi kurang sesuai dengan beban hujan yang kebetulan juga abnormal). Masalah menjadi semakin kompleks dengan belum tersedianya sistem makro yang sejak lama direncanakan belum/tidak jadi dibangun (antara lain: penyelesaian saluran Banjir Kanal Timur, peningkatan kapasitas Pintu Air Manggarai, peningkatan kapasitas saluran Banjir Kanal Barat, normalisasi Kali Ciliwung, Penataan Kali Pesanggrahan, dan sebagainya.
h. Banyaknya bangunan di Jakarta yang belum memiliki IMB
IMB merupakan instrumen hukum untuk mengatur lingkungan, khususnya resapan air tanah, yang bernama koefisien luas bangunan (KLB). Pada prinsip KLB, semua pihak yang ingin mendirikan bangunan di Jakarta harus menyisakan 30 persen luas tanah untuk RTH. Jadi, kalau luas tanahnya 100 meter persegi, bangunan yang boleh didirikan hanya 70 meter persegi. Dengan media 30 meter persegi, cukup efektif untuk resapan air tanah dan menanggulangi banjir. Dinas Pengawas dan Penataan Bangunan pemerintah DKI Jakarta membuktikan bahwa rumah di Jakarta yang mempunyai IMB hanya 25 persen (325 ribu unit) dari total 1,3 juta unit. Dengan kata lain, 75 persen (925 ribu unit) rumah di Jakarta adalah “rumah liar”.