Dalam empat dasawarsa terakhir ini, peningkatan jumlah penduduk Jakarta yang berlangsung pesat telah menyebabkan kawasan resapan air berkurang drastis karena beralih fungsi menjadi daerah permukiman dan industri. Lahan terbuka digantikan oleh rumah dan bangunan, dan yang tersisa pun ditutupi oleh jalan aspal atau pelataran parkir sehingga tidak mampu menyerap air. Air hujan yang tidak teresap berubah menjadi aliran permukaan yang mengalir ke sungai, yang selanjutnya dialirkan ke laut sesuai kapasitas sungai-sungai yang ada dalam menampung air tersebut.
Dalam jumlah besar, air hujan yang tidak tertampung akan menjadi banjir. Terjadinya banjir akan tergantung pada tingginya curah hujan di hulu dan di wilayah Jakarta sendiri, volume sampah yang membuat sungai-sungai menjadi mampet dan dangkal, serta pasang surutnya air laut. Bila salah satu faktor yang disebutkan ini sedang berada dalam keadaan tidak normal, terjadilah banjir dan genangan air di beberapa kawasan yang rendah di ibukota. Bila semua faktor berada dalam keadaan tidak normal, banjir besar akan menimpa Jakarta Penyebab banjir dibagi dua, berdasarkan factor alami dan campur tangan manusia. Banjir yang disebabkan factor alami adalah
a. Curah Hujan
Oleh karena beriklim tropis, Indonesia mempunyai dua musim sepanjang tahun, yakni musim penghujan umumnya terjadi antara bulan Oktober–Maret dan musim kemarau terjadi antara bulan April- September. Pada musim hujan, curah hujan yang tinggi berakibat banjir di sungai dan bila melebihi tebing sungai maka akan timbul banjir atau genangan.
b. Pengaruh Fisiografi
Fisiografi atau geografi fisik sungai seperti bentuk, fungsi dan kemiringan daerah aliran sungai (DAS), kemiringan sungai, geometric hidrolik (bentuk penampang seperti lebar, kedalaman, potongan memanjang, material dasar sungai), lokasi sungai dan lain-lain merupakan hal-hal yang mempengaruhi terjadinya banjir.
c. Erosi dan Sedimentasi
Erosi di DAS berpengaruh terhadap pengurangan kapasitas penampang sungai. Erosi menjadi problem klasik sungai-sungai di Indonesia. Besarnya sedimentasi akan mengurangi kapasitas saluran sehingga timbul genangan dan banjir di sungai. Sedimentasi juga merupakan masalah besar pada sungai-sungai di Indonesia. Menurut Rahim (2000), erosi tanah longsor (landslide) dan erosi pinggir sungai (stream bank erosion) memberikan sumbangan sangat besar terhadap sedimentasi di sungai-sungai, bendungan dan akhirnya ke laut.
d. Kapasitas Sungai
Pengurangan kapasitas aliran banjir pada sungai dapat disebabkan oleh pengendapan berasal dari erosi DAS dan erosi tanggul sungai yang berlebihan. Sedimentasi sungai terjadi karena tidak adanya vegetasi penutup dan adanya penggunaan lahan yang tidak tepat, sedimentasi ini menyebabkan terjadinya agradasi dan pendangkalan pada sungai, hal ini dapat menyebabkan berkurangnya kapasitas tampungan sungai. Efek langsung dari fenomena ini menyebabkan meluapnya air dari alur sungai keluar dan menyebabkan banjir.
e. Kapasitas Drainasi yang tidak memadai
Sebagian besar kota-kota di Indonesia mempunyai drainasi daerah genangan yang tidak memadai, sehingga kota-kota tersebut sering menjadi langganan banjir di musim hujan.
f. Pengaruh air pasang
Air pasang laut memperlambat aliran sungai ke laut. Pada waktu banjir bersamaan dengan air pasang yang tinggi maka tinggi genangan atau banjir menjadi besar karena terjadi aliran balik (backwater). Fenomena genangan air pasang (Rob) juga rentan terjadi di daerah pesisir sepanjang tahun baik di musim hujan dan maupun di musim kemarau
g. Pemanasan Global
Pemanasan global (global warming) merupakan aspek yang perlu mendapatkan perhatian besar karena akan mempengaruhi peningkatan frekuensi dan intensitas banjir dengan pola hujan yang acak dan musim hujan yang pendek sementara curah hujan sangat tinggi (kejadian ekstrim). Frekuensi dan intensitas banjir diprediksikan terjadi 9 kali lebih besar pada dekade mendatang dimana 80% peningkatan banjir tersebut terjadi di Asia Selatan dan Tenggara (termasuk Indonesia) dengan luas genangan banjir mencapai 2 juta mil persegi. Peningkatan volume air pada kawasan pesisir akan memberikan efek akumulatif apabila kenaikan muka air laut serta peningkatan frekuensi dan intensitas hujan terjadi dalam kurun waktu yang bersamaan.
Dulu Indonesia terbiasa dengan curah hujan yang relatif teratur mulai bulan September, Oktober, November, Desember dan Januari, tetapi saat ini karena pemanasan global, cuaca tidak menentu. Bahkan sampai ada yang namanya badai. Padahal 20 tahun lalu tidak ada badai di Indonesia, hanya diwilayah sub-tropis seperti Filipina dan Hongkong. Dan waktu dulu Indonesia hanya mengenal istilah banjir besar dengan R50, kalau intesitasnya sering R25, kemudian R10, dan sekarang sudah ada R5. Untuk R5 ini adalah peristiwa banjir besar yang terjadi 5 tahun sekali. Dapat dikatakan banjir yang terjadi saat ini disebabkan adanya fluktuasi hujan. Kalau dulu hujan bisa terbagi dari enam bulan, lima bulan, ataupun empat bulan secara merata, namun untuk sekarang terjadi hanya pada satu pekan saja, otomatis kandungan air ditujuh pekan itu sebetulnya, tidak bisa ditampung dengan sistem apapun.
